CyanoSat: A Database of Cyanobacterial Perfect and Imperfect Microsatellites
HOME ABOUT DATABASE ADVANCED SEARCH TUTORIAL STATISTICS CONTACT
       Organism: Cyanothece sp. PCC 7424 (NC_011729 5942653 bp)                                                               Show Primer       Download
Compound : 2     Perfect Compound : 1   Overlapping Compound : 1
Perfect      : 384     Density of SSR      : 1SSR/ 15.4 kb   Average length of SSR  : 12.97 bp
Coding      : 255     Non-Coding           : 112   Coding and Non-Coding : 19
REPEATMONODITRITETRAPENTAHEXATOTAL
PERFECT 2 3 185 155 14 25 384
IMPERFECT 14 165 2198 1795 248 172 4592
Perfect SSRs
S. No.MOTIFLENGTHSTARTENDREGION
1. (CGT)4125342953440Coding
2. (TCG)6185390553922Coding
3. (ATAA)312103225103236Non coding
4. (CGA)412105323105334Coding
5. (CCACCC)318105348105365Coding
6. (ATTAG)315106223106237Coding-Non coding
7. (AGC)515127132127146Coding
8. (ATT)412144246144257Coding-Non coding
9. (ATT)412197184197195Coding
10. (AG)612223751223762Coding
11. (AGG)412243875243886Coding
12. (GAT)412251275251286Coding
13. (AGC)412266701266712Coding
14. (TCT)412284430284441Coding
15. (TA)612284647284658Non coding
16. (TTAA)312287900287911Non coding
17. (ACAT)312289882289893Coding-Non coding
18. (TAA)412325597325608Coding
19. (ATAA)312326622326633Coding
20. (ACTG)312326654326665Coding
21. (ACTG)312345849345860Coding
22. (ATTG)312378167378178Coding
23. (ACTT)312397273397284Non coding
24. (TGC)412411747411758Coding
25. (TATT)312431854431865Non coding
26. (TTG)412457940457951Coding
27. (CAA)412482887482898Non coding
28. (CCG)412483092483103Coding
29. (CAAGCC)318485669485686Coding
30. (ACTC)312489030489041Coding
31. (CAA)412489371489382Coding
32. (AAT)412493856493867Coding
33. (TTAT)312497554497565Coding
34. (TAAA)312499844499855Non coding
35. (AATT)312504103504114Non coding
36. (TCAA)312507860507871Non coding
37. (AGTC)312508922508933Coding
38. (ATT)412511484511495Coding
39. (GCG)412521874521885Non coding
40. (TAAA)312528503528514Coding
41. (CCG)412595849595860Coding
42. (TTC)412605531605542Coding
43. (GCA)412607890607901Coding
44. (TTTA)312613372613383Coding-Non coding
45. (TTG)412615488615499Coding
46. (CGA)412641427641438Coding
47. (AACTT)315654261654275Non coding
48. (ATAG)312665872665883Coding
49. (TCG)412684674684685Coding
50. (TCCA)312695866695877Coding
51. (ATT)412709378709389Coding
52. (TTTC)312721332721343Coding
53. (ATG)412734455734466Coding
54. (TGA)412734483734494Coding
55. (GAA)412753534753545Coding
56. (AATT)312763840763851Non coding
57. (TTG)412782074782085Non coding
58. (TTTA)312797177797188Coding
59. (TGG)412798537798548Coding
60. (AAG)515805125805139Coding
61. (TGT)515814743814757Non coding
62. (TGA)515828906828920Coding
63. (CTTGGG)318853807853824Coding
64. (CAAA)312873597873608Non coding
65. (CGG)515893846893860Coding
66. (ATT)412899369899380Coding
67. (ATA)412912334912345Non coding
68. (CGC)412933080933091Coding
69. (AGC)412946010946021Coding
70. (AAAT)312946942946953Non coding
71. (AATT)312953717953728Coding
72. (GAC)412974471974482Coding
73. (GGTT)312993569993580Coding
74. (TGT)412995103995114Coding
75. (ATTA)31210169401016951Coding
76. (ATT)41210397051039716Coding
77. (GCC)41211138051113816Coding
78. (AATT)31211371791137190Coding-Non coding
79. (GCC)41211722951172306Coding
80. (AATA)31211825401182551Non coding
81. (ATTT)31211840381184049Coding
82. (TGC)41212044641204475Coding
83. (GCC)41212078151207826Coding
84. (AAG)41212196571219668Coding
85. (TCC)41212468681246879Coding
86. (AATT)31212600661260077Non coding
87. (ATC)41212808121280823Coding
88. (AATT)31212875061287517Non coding
89. (ATTA)31212962631296274Non coding
90. (TCA)51513034841303498Coding
91. (TAA)41213123051312316Coding
92. (TTCC)31213135381313549Coding
93. (ATAA)31213202391320250Non coding
94. (TTAA)31213353761335387Non coding
95. (AATT)41613441111344126Non coding
96. (AATTA)31513768441376858Non coding
97. (ATTC)31214265321426543Coding-Non coding
98. (CATAAG)31814353391435356Coding
99. (CTTTTA)31814360511436068Coding
100. (CTT)41214458371445848Coding
101. (GCC)41215134971513508Coding
102. (ATAA)31215163711516382Coding
103. (TTA)41215424761542487Coding
104. (ATTT)31215467311546742Non coding
105. (AATC)31215518561551867Non coding
106. (AAAT)41615592031559218Non coding
107. (ATA)41215977601597771Non coding
108. (TTC)41216022641602275Coding
109. (ATT)51516091921609206Coding
110. (ATAA)31216129291612940Coding
111. (TTA)41216234511623462Coding
112. (TAA)41216587111658722Coding
113. (CAT)41216606761660687Coding
114. (TTA)41216715921671603Coding
115. (AATT)31216744111674422Non coding
116. (AATT)31216746441674655Coding
117. (ACGATC)31816946901694707Coding
118. (CTTT)31217083611708372Coding
119. (TAAT)31217172041717215Coding-Non coding
120. (CAAC)31217202211720232Coding
121. (AATTA)31517227181722732Non coding
122. (GCG)41217711421771153Coding
123. (GGAT)31217753011775312Coding
124. (TAAT)31217792461779257Non coding
125. (TTG)41217934921793503Coding
126. (AGG)41218059361805947Coding
127. (AGG)41218074481807459Coding
128. (AGG)41218081771808188Coding
129. (GAT)41218292481829259Coding
130. (GAAG)31218321421832153Coding
131. (AAT)41218365841836595Coding
132. (TTTAA)31518809491880963Non coding
133. (GAT)51518930151893029Coding
134. (TAAT)31219044541904465Non coding
135. (AGTA)31219051891905200Coding
136. (TAAT)31219053411905352Non coding
137. (ATTT)31219151651915176Non coding
138. (AGT)41219643721964383Coding
139. (TAAAA)31519920931992107Non coding
140. (CACCAG)31819923191992336Coding
141. (ATT)41220217082021719Coding
142. (GTTT)31220459302045941Coding
143. (TATT)31220738882073899Coding
144. (ATC)41220759502075961Coding
145. (ATCAGA)31820768192076836Coding
146. (TAACA)31521380732138087Coding
147. (ATCT)31221465912146602Coding
148. (TAT)41221850002185011Coding
149. (ATA)41222137402213751Coding
150. (AATT)31222191852219196Coding-Non coding
151. (AACA)31222523932252404Non coding
152. (TAC)41222539792253990Coding
153. (TTAA)31222589912259002Non coding
154. (CTT)41222603782260389Coding
155. (TTAT)31222606812260692Non coding
156. (TATC)31222902632290274Coding
157. (TTG)41223411232341134Coding
158. (CGG)41223491612349172Coding
159. (TTC)41223645722364583Coding
160. (CAA)41223871722387183Coding
161. (TGAT)31223971112397122Non coding
162. (TAAT)31224081932408204Non coding
163. (TATT)31224082342408245Non coding
164. (TTAA)31224284002428411Non coding
165. (TAA)41224444822444493Coding
166. (AGC)41224466252446636Coding
167. (CCTTA)31524514292451443Non coding
168. (AAT)41224627252462736Non coding
169. (AATC)31225040522504063Non coding
170. (TAT)41225321622532173Coding
171. (CTG)41225354782535489Coding
172. (TGT)41226647872664798Coding
173. (GTT)41226649742664985Coding
174. (TTG)51526813812681395Coding
175. (TTA)41227072922707303Coding
176. (TTA)41227074632707474Coding
177. (TGA)41227817062781717Coding
178. (CTG)51527965372796551Coding
179. (ATGATT)42428275152827538Coding
180. (TCTT)31228380482838059Non coding
181. (TAA)41228487072848718Non coding
182. (AAAT)31228818012881812Coding
183. (CTCAAG)31829312832931300Coding
184. (TCT)41229509352950946Coding
185. (TCC)41229759692975980Coding
186. (AACT)31229846342984645Coding-Non coding
187. (AAT)41230110353011046Non coding
188. (TAAA)31230226593022670Non coding
189. (TTTA)31230226763022687Non coding
190. (CGG)41230261043026115Coding
191. (CAA)41230370683037079Coding
192. (ATC)41230465963046607Non coding
193. (CAT)41230503553050366Non coding
194. (TAA)41230598333059844Coding
195. (ACC)41230651733065184Coding
196. (ATTT)31230708673070878Coding-Non coding
197. (TAAT)31230801203080131Non coding
198. (GAGGAA)31830949103094927Coding
199. (CAG)41231119823111993Coding
200. (AATT)31231136993113710Non coding
201. (CTAATC)31831534703153487Coding
202. (CCA)41231693433169354Coding
203. (TGG)41231856963185707Coding
204. (TAT)41231863723186383Coding
205. (ACA)41231884343188445Coding
206. (TTA)41231884833188494Coding
207. (AATA)31232123903212401Non coding
208. (TTC)41232164843216495Coding
209. (TCT)41232345633234574Coding
210. (TTTA)31232438613243872Non coding
211. (AATT)31232601273260138Non coding
212. (TAAT)31232701973270208Non coding
213. (ATTA)31233205353320546Coding
214. (CAT)41233384543338465Coding
215. (ATTT)31233557773355788Coding
216. (AATT)31233817183381729Non coding
217. (ATTA)31234171153417126Coding-Non coding
218. (TAAT)31234358213435832Non coding
219. (ATAA)41634561063456121Coding
220. (AATA)41634751023475117Non coding
221. (AATT)31234751533475164Non coding
222. (ATTA)31234758873475898Coding-Non coding
223. (AAT)41234824093482420Coding
224. (AAT)41234826793482690Non coding
225. (GGTTTA)31835364643536481Coding
226. (AGG)51535837703583784Coding
227. (ACCCGA)31835839453583962Coding
228. (AAT)41235964453596456Non coding
229. (CGC)41236013373601348Coding
230. (TCC)72136248783624898Coding
231. (ATTT)31236253933625404Coding
232. (TTAA)31236661953666206Coding-Non coding
233. (TAAT)31236763563676367Non coding
234. (AATC)31236792073679218Coding
235. (ATT)41236863733686384Coding
236. (CTCC)31236914343691445Coding
237. (ATT)41236929113692922Non coding
238. (AATC)31236930383693049Non coding
239. (ATAAAA)31836963653696382Coding
240. (ATT)41237007893700800Non coding
241. (CTAT)31237088073708818Non coding
242. (ATAA)31237311523731163Coding
243. (CCG)41237548073754818Coding
244. (TTAT)31237826983782709Coding
245. (TGTGA)31537915143791528Non coding
246. (TTTG)31237941033794114Coding
247. (AAG)41237967183796729Non coding
248. (CTG)41238066323806643Coding
249. (TATT)31238124273812438Coding
250. (TGTT)31238287103828721Coding
251. (GGT)41238343053834316Coding
252. (AGAT)31238416433841654Coding
253. (AATT)31238478393847850Non coding
254. (CTAATT)31838495823849599Coding
255. (TTAA)31238556263855637Coding-Non coding
256. (TTCGGG)42438673563867379Coding
257. (AGC)41238781863878197Coding
258. (CGA)41238862843886295Coding
259. (GGA)41238885093888520Coding
260. (TCC)41238904293890440Coding
261. (TTC)41239053693905380Coding
262. (AATTA)42039069053906924Non coding
263. (GGTT)31239225603922571Coding
264. (CGG)41239281683928179Coding
265. (AAG)72139292333929253Coding
266. (ATTT)31239780853978096Coding
267. (TAT)41239800533980064Coding
268. (GGTAAC)42439877853987808Coding
269. (TTAA)31239998703999881Non coding
270. (AGT)41240113214011332Non coding
271. (CCA)41240263614026372Coding
272. (CCA)41240287314028742Coding
273. (CGG)41240367654036776Coding
274. (TAAT)31240473984047409Non coding
275. (AG)61240564974056508Coding
276. (GAT)51540807834080797Coding
277. (TAAT)31240955094095520Non coding
278. (AGTTG)31541617364161750Non coding
279. (TGT)41241787524178763Coding
280. (AATA)31241948754194886Non coding
281. (ATTT)31242183524218363Coding
282. (AAT)41243511294351140Coding
283. (AAT)41243513004351311Coding
284. (CAT)51543842264384240Coding
285. (CTA)41244056634405674Coding
286. (GAA)41244257354425746Coding
287. (AAAT)31244391074439118Coding-Non coding
288. (AATT)31244394284439439Non coding
289. (AATA)31244496984449709Non coding
290. (AATA)31244505674450578Non coding
291. (ATAA)31245117744511785Coding-Non coding
292. (AGCAGG)31845122804512297Coding
293. (TTA)41245187164518727Non coding
294. (TAAA)31245864924586503Coding-Non coding
295. (ACCCA)31546426314642645Coding
296. (TTG)41246701614670172Coding
297. (CCG)41246751784675189Coding
298. (GGGTTG)42446766244676647Coding
299. (TTGAGG)42446766634676686Coding
300. (GAG)41246767674676778Coding
301. (ATTA)31247070364707047Non coding
302. (AATT)31247529754752986Coding
303. (AAGAT)31547769784776992Non coding
304. (AATT)31247866794786690Non coding
305. (AATA)31247949944795005Coding
306. (ATTA)31248250374825048Non coding
307. (TAAT)31248580024858013Coding-Non coding
308. (T)131348599494859961Non coding
309. (TGA)41248641324864143Coding
310. (GGGTTC)31848656874865704Coding
311. (CAT)41248931454893156Coding
312. (GAA)41249018104901821Coding
313. (TTG)41249079864907997Coding
314. (GGT)41249081034908114Coding
315. (ATT)41249404564940467Coding
316. (ATTA)31249652204965231Coding-Non coding
317. (CAT)41249778114977822Coding
318. (ATTT)31249972934997304Non coding
319. (ATT)41249975414997552Non coding
320. (TCTA)31250269145026925Coding
321. (TTC)41250303995030410Coding
322. (GAG)41250372275037238Coding
323. (AATT)31250718165071827Coding
324. (TTTA)31250791385079149Non coding
325. (A)121250837465083757Non coding
326. (AATT)31251023915102402Non coding
327. (ATAA)31251156025115613Non coding
328. (ACA)41251332815133292Coding
329. (TTA)41251352265135237Coding
330. (GTT)41251447185144729Non coding
331. (TATT)31251891585189169Coding
332. (TAA)41251901135190124Coding
333. (CGG)41251940765194087Coding
334. (AATA)31252668925266903Non coding
335. (AACC)31252702095270220Non coding
336. (TCTT)31252804155280426Coding
337. (CAA)41252861075286118Coding
338. (CTC)41253209315320942Coding
339. (AATA)31253594135359424Coding
340. (TAAT)31253701545370165Non coding
341. (TAAT)31253732925373303Non coding
342. (AAG)41253949015394912Coding
343. (TAT)41254237665423777Coding
344. (CTGA)31254319525431963Coding
345. (TGT)41254507535450764Coding
346. (ATTA)31254917485491759Non coding
347. (AATT)31255021965502207Non coding
348. (GCC)51555236955523709Coding
349. (GTT)41255350765535087Coding
350. (TAAT)31255463635546374Non coding
351. (GAGGAA)31855621285562145Coding
352. (AAG)41255686345568645Coding
353. (AATAA)52555743665574390Non coding
354. (CTC)41255748795574890Non coding
355. (ATTA)31255867715586782Non coding
356. (TGG)51555942975594311Coding
357. (CAGA)31256030825603093Coding
358. (TCAAGA)31856102565610273Coding
359. (GCC)41256439465643957Coding
360. (AAC)41256862275686238Coding
361. (TAA)41256885675688578Coding
362. (CTGT)31256933805693391Non coding
363. (TAT)41257025845702595Coding
364. (CGC)41257213615721372Coding
365. (TCT)41257282635728274Coding
366. (AATT)31257290945729105Coding
367. (TGTT)31257435475743558Coding
368. (CCAA)31257470695747080Coding
369. (CAC)41257528035752814Coding
370. (TTC)41257694005769411Coding
371. (CAGC)31257737365773747Coding
372. (TAG)41257887395788750Coding
373. (AAAT)31257942505794261Non coding
374. (AATT)31257983525798363Coding
375. (TTCC)31258079125807923Non coding
376. (ATG)41258204065820417Coding
377. (ATTT)31258329235832934Coding
378. (AATT)31258377275837738Non coding
379. (GAAGAC)31858760165876033Coding
380. (TTTA)31258819155881926Coding
381. (GGA)41258920845892095Coding
382. (ATA)41258935475893558Coding
383. (AATT)31259054735905484Coding
384. (AAT)41259077345907745Coding
Kabra,R., Kapil,A., Attarwala,K., Rai,P.K. and Shanker,A. World J Microbiol Biotechnol (2016) 32:71                                                      Best viewed at 1280 x 768.