CyanoSat: A Database of Cyanobacterial Perfect and Imperfect Microsatellites
HOME ABOUT DATABASE ADVANCED SEARCH TUTORIAL STATISTICS CONTACT
       Organism: Nostoc sp. PCC 7107 (NC_019676 6329824 bp)                                                               Show Primer       Download
Compound : 1     Perfect Compound : 1   Overlapping Compound : 0
Perfect      : 294     Density of SSR      : 1SSR/ 21.46 kb   Average length of SSR  : 12.95 bp
Coding      : 240     Non-Coding           : 50   Coding and Non-Coding : 5
REPEATMONODITRITETRAPENTAHEXATOTAL
PERFECT 0 1 133 126 12 22 294
IMPERFECT 2 196 2214 1695 189 164 4460
Perfect SSRs
S. No.MOTIFLENGTHSTARTENDREGION
1. (AAG)4121868718698Coding
2. (TAAA)3123151731528Coding
3. (ACTC)3127566275673Coding
4. (TACAG)3158202282036Coding
5. (TTAC)3128577585786Coding
6. (CAC)515110810110824Coding
7. (ACC)515111273111287Coding
8. (AATA)312113593113604Coding
9. (CGC)412247484247495Coding
10. (TTGG)312284513284524Coding
11. (GAT)412312563312574Coding
12. (TGT)412321016321027Coding
13. (TTTA)312342642342653Non coding
14. (CTT)412368256368267Non coding
15. (TTTA)312417766417777Coding
16. (AGC)412431463431474Coding
17. (CAGT)312438797438808Coding
18. (GCC)412482869482880Coding
19. (AGGA)312495601495612Coding-Non coding
20. (GGC)412497414497425Coding
21. (GCAGGT)318534721534738Coding
22. (ACC)412538019538030Coding
23. (ATAA)312603232603243Non coding
24. (GCG)412612064612075Coding
25. (TAAA)312616347616358Coding
26. (TAAT)312616807616818Coding
27. (TAA)412629221629232Coding
28. (GCAA)312678767678778Non coding
29. (TTTA)312681043681054Non coding
30. (AACAT)315694885694899Non coding
31. (ATAA)312702563702574Coding
32. (ATC)412708440708451Coding
33. (AATT)312715273715284Coding
34. (TTG)412723384723395Coding
35. (CTTG)312730089730100Coding
36. (GCACAA)318734726734743Coding
37. (GTTG)312785701785712Coding
38. (TAGT)312790973790984Coding
39. (CATT)312873766873777Non coding
40. (TTGTT)315890370890384Non coding
41. (GCC)41210041521004163Coding
42. (CTA)41210492161049227Coding
43. (CCG)51510571421057156Coding
44. (TA)71410577111057724Non coding
45. (TCA)41210697911069802Coding
46. (GGAT)31211087691108780Coding
47. (CCG)41211248651124876Coding
48. (CTG)41211341821134193Coding
49. (GGTGCA)31811353641135381Coding
50. (CAGT)31211458171145828Coding
51. (TGA)41211567661156777Coding
52. (AGC)41211615321161543Coding
53. (TTA)41211703321170343Coding
54. (GAAC)31211760301176041Non coding
55. (TTAC)31211788111178822Coding
56. (TTGG)31211895791189590Coding
57. (GAAC)31212061131206124Non coding
58. (TTAT)31212109441210955Non coding
59. (ATAA)31212737781273789Coding
60. (CAGT)31213627041362715Coding
61. (AAT)41213769011376912Non coding
62. (CTG)41213798901379901Coding
63. (GTTC)31213855501385561Non coding
64. (AGCA)31213986301398641Non coding
65. (CAAT)31214326711432682Coding
66. (ACTG)31214468731446884Coding
67. (CGCCAC)42414568291456852Coding
68. (TTAT)31214605151460526Coding
69. (TCC)41214835811483592Coding
70. (ATTT)31215205631520574Coding
71. (CAGT)31215430671543078Coding
72. (GCT)51515623651562379Coding
73. (TAAT)31216692841669295Non coding
74. (CCA)41217052811705292Coding
75. (CAGT)31217365411736552Coding
76. (AAAATT)31817656841765701Coding
77. (CAGT)31217973481797359Coding
78. (AAG)41218388621838873Coding
79. (CAC)41218484391848450Coding
80. (GTTT)31218839571883968Coding
81. (ATTA)31218844801884491Non coding
82. (AACT)31218992701899281Non coding
83. (GATG)31219491351949146Coding
84. (GTA)41219688751968886Coding
85. (ATTT)31219690751969086Coding
86. (GAT)51519901231990137Coding
87. (GGC)61820217992021816Coding
88. (AAG)41220345232034534Coding
89. (GGTTT)31520410082041022Coding
90. (AATC)31220686132068624Coding
91. (GCTG)31220838522083863Coding
92. (GTTG)31220946422094653Coding
93. (TTG)41221119902112001Coding
94. (ACAA)31221322122132223Coding
95. (ATG)41221679872167998Coding
96. (GCAA)31221835142183525Non coding
97. (CGCT)31222234182223429Coding
98. (ATGT)31222280292228040Coding
99. (AAAT)31222290032229014Coding
100. (ATAA)31222590892259100Non coding
101. (GCG)41222732472273258Coding
102. (CTG)41222846162284627Coding
103. (CCA)41222959642295975Coding
104. (ACTG)31222989732298984Coding
105. (TTTA)31223323352332346Coding
106. (CGG)41223372412337252Coding
107. (GGAT)31223985982398609Coding
108. (ATTTT)31524089712408985Non coding
109. (TATT)31224191722419183Coding
110. (CGC)41224275342427545Coding
111. (TTAA)31224914192491430Coding-Non coding
112. (GATT)31224958692495880Coding
113. (TTGG)31224973662497377Coding
114. (TTA)41225223732522384Coding
115. (ATTG)31225363942536405Coding
116. (GGT)41226752922675303Coding
117. (AAAT)31226984362698447Coding
118. (TTAT)31227044422704453Coding
119. (GGC)41227083572708368Coding
120. (TAGCCA)31827275182727535Coding
121. (TCC)41227382672738278Coding
122. (TCA)41227502222750233Coding
123. (GTTTT)42027600042760023Non coding
124. (TTAA)31228203602820371Non coding
125. (ATC)61828359422835959Coding
126. (GCTGTT)31828359752835992Coding
127. (TTGCTG)31828360272836044Coding
128. (GAA)41228659822865993Coding
129. (GGTT)31228960902896101Coding
130. (AAT)41229099402909951Coding
131. (TGG)41229117912911802Coding
132. (CGC)51529698442969858Coding
133. (CCG)41229727552972766Coding
134. (GTTCCG)31829810772981094Coding
135. (CAC)41230332583033269Coding
136. (GGGT)31230595973059608Coding
137. (ATAA)31230629023062913Coding
138. (TAA)41230673673067378Non coding
139. (TGA)41230701033070114Coding
140. (ATTT)31230734273073438Non coding
141. (AGA)41230752863075297Coding
142. (CGG)41230876693087680Coding
143. (CAGT)31231004383100449Coding
144. (ACCAAC)31831024233102440Coding
145. (AAC)41231165313116542Coding
146. (GCC)41231796623179673Coding
147. (CAAAA)31531965113196525Coding
148. (TTGTGG)31832121373212154Coding
149. (CCA)41232135093213520Coding
150. (GGC)41232258403225851Coding
151. (GGC)41232259543225965Coding
152. (TGG)51532349823234996Coding
153. (TGTGGG)31832406203240637Coding
154. (CTCA)31232723413272352Coding
155. (ATG)41233033683303379Coding
156. (GTT)41233386143338625Coding
157. (AGT)41233597553359766Coding
158. (AGCA)31233713123371323Coding
159. (AAAC)31233751913375202Non coding
160. (TCCA)31233976013397612Coding
161. (AATA)31234336343433645Coding
162. (TGC)41234374393437450Coding
163. (TAGCGG)31834406133440630Coding
164. (CAAA)31235120213512032Coding
165. (ACTG)31235198923519903Coding
166. (CCATTG)31835351993535216Coding
167. (GAA)41236167423616753Coding
168. (CAG)41236420963642107Coding
169. (ATC)41236497733649784Coding
170. (AGC)41236536973653708Coding
171. (ATTT)31236562863656297Coding
172. (AGCCAA)31836665813666598Coding
173. (CTG)41236772343677245Coding
174. (TTAA)31237011533701164Non coding
175. (GCG)51537152893715303Coding
176. (TGC)41237247263724737Coding
177. (ACC)41237270993727110Coding
178. (CTT)41237321873732198Coding
179. (GTT)41237327163732727Coding
180. (GCT)41237713203771331Coding
181. (CCAA)31237913203791331Coding
182. (AATT)31239092133909224Coding
183. (CAAA)31239523993952410Coding
184. (GTTC)31239720763972087Non coding
185. (TAAT)31240232144023225Non coding
186. (GAT)41240712804071291Coding
187. (TAAT)31241394524139463Non coding
188. (TTG)41241408354140846Coding
189. (TTTA)31241577014157712Non coding
190. (ATTT)31242339604233971Non coding
191. (TTAT)31242468944246905Non coding
192. (TAAA)31242629404262951Coding
193. (ATTA)31243014894301500Non coding
194. (TGA)51543101094310123Coding
195. (CCAA)31243214034321414Coding
196. (ACCAAC)31843239904324007Coding
197. (ACAA)31243297274329738Coding
198. (GCCA)31243471264347137Coding
199. (TAG)41243509774350988Coding
200. (AGT)41243564434356454Coding
201. (TGG)41243711404371151Coding
202. (CAGT)31243774144377425Coding
203. (GCC)41243873384387349Coding
204. (TTG)41243911464391157Coding
205. (GAAC)31244410274441038Non coding
206. (AAC)41244756494475660Coding
207. (TCT)41244857424485753Coding
208. (CAG)41245330274533038Coding
209. (CCTAAA)31845545694554586Coding
210. (ACAG)31245699394569950Coding
211. (ATC)41245711594571170Coding
212. (ATTT)31245954014595412Non coding
213. (CAG)41246038624603873Coding
214. (TAAA)31246769124676923Coding
215. (TAT)41246893644689375Coding
216. (CGG)41247047564704767Coding
217. (TGTTGG)42447267124726735Coding
218. (CGCT)31247473104747321Coding
219. (AAAAT)31547735564773570Non coding
220. (CAG)51547887144788728Coding
221. (GACT)52048058474805866Non coding
222. (CGC)41248399414839952Coding
223. (TTTG)31248695834869594Coding
224. (GTG)41248769154876926Coding
225. (TCA)51548921384892152Coding
226. (CTG)41248999694899980Coding
227. (TGTT)31249036364903647Coding
228. (TCTT)31249071274907138Coding
229. (CTT)41249091414909152Coding
230. (TTG)41249440934944104Coding
231. (AACA)31249559774955988Coding
232. (TTAC)31249669414966952Coding
233. (GTTTT)31549749714974985Non coding
234. (GTAA)31249783004978311Coding
235. (ACA)41249932864993297Coding
236. (TGG)41250039555003966Coding
237. (AGAA)31250087415008752Coding
238. (CCA)41250357575035768Coding
239. (CCA)41250363185036329Coding
240. (TCT)41250488615048872Non coding
241. (CAGT)31250641785064189Coding
242. (TGA)51550696035069617Coding
243. (AAACT)31551149475114961Coding
244. (TTG)41251223105122321Coding
245. (TTC)41251229025122913Coding
246. (TTC)41251363175136328Coding
247. (CCA)41251597095159720Coding
248. (ACTG)31251636035163614Coding
249. (CCG)41251693385169349Coding
250. (ATTT)31251704205170431Coding-Non coding
251. (GGCAGT)42452684485268471Coding
252. (GTG)41252708665270877Coding
253. (AATT)31252781025278113Coding-Non coding
254. (TAAC)31252805225280533Coding
255. (GTTC)31252837855283796Non coding
256. (CCAGCA)31852926635292680Coding
257. (CCAGCA)31852926875292704Coding
258. (ACC)51552959545295968Coding
259. (ACA)41252980125298023Non coding
260. (AAAT)31253444805344491Non coding
261. (TTGG)31254385695438580Coding
262. (GCT)41254399585439969Coding
263. (TTG)41254648865464897Coding
264. (CAG)41254807115480722Coding
265. (ACTG)31255087855508796Coding
266. (AAT)41255484835548494Non coding
267. (AATTC)31555791245579138Non coding
268. (CAGT)31256020025602013Coding
269. (TTG)41256365705636581Coding
270. (CGG)41256536615653672Coding
271. (GCC)41257111055711116Coding
272. (GGT)41257344685734479Coding
273. (AAGC)31257354475735458Coding
274. (TTG)41257404165740427Coding
275. (ATTA)31257457305745741Non coding
276. (TATT)31258490765849087Non coding
277. (GGT)41258877695887780Coding
278. (AAAT)31258938085893819Non coding
279. (AAT)41259308755930886Coding
280. (GCC)41259508675950878Coding
281. (ACC)51559556975955711Coding
282. (TTAA)31259576395957650Non coding
283. (GCT)41259689585968969Coding
284. (CGC)41260572526057263Coding
285. (TGCT)31260854366085447Coding
286. (GGAAAT)31860922506092267Coding
287. (CTG)41261080826108093Coding
288. (GTT)41261375206137531Coding
289. (AATT)31262133266213337Coding
290. (AAACT)31563008266300840Non coding
291. (GCC)41263031626303173Coding
292. (AGTT)31263078356307846Coding-Non coding
293. (AATA)31263100496310060Coding
294. (CAGT)31263148406314851Coding
Kabra,R., Kapil,A., Attarwala,K., Rai,P.K. and Shanker,A. World J Microbiol Biotechnol (2016) 32:71                                                      Best viewed at 1280 x 768.