CyanoSat: A Database of Cyanobacterial Perfect and Imperfect Microsatellites
HOME ABOUT DATABASE ADVANCED SEARCH TUTORIAL STATISTICS CONTACT
       Organism: Oscillatoria nigro-viridis PCC 7112 (NC_019729 7479015 bp)                                                               Show Primer       Download
Compound : 2     Perfect Compound : 1   Overlapping Compound : 1
Perfect      : 436     Density of SSR      : 1SSR/ 17.08 kb   Average length of SSR  : 14.17 bp
Coding      : 342     Non-Coding           : 91   Coding and Non-Coding : 5
REPEATMONODITRITETRAPENTAHEXATOTAL
PERFECT 1 4 170 174 14 73 436
IMPERFECT 15 229 2433 1989 225 281 5172
Perfect SSRs
S. No.MOTIFLENGTHSTARTENDREGION
1. (CTG)4121000510016Coding
2. (GATC)3121050610517Coding
3. (AGC)4123615036161Coding
4. (CCA)4124446644477Coding
5. (CCTG)3124740347414Non coding
6. (CTAT)3126950069511Non coding
7. (GTT)4127811678127Coding
8. (GGT)5158173481748Coding
9. (AAAT)3128523185242Non coding
10. (TTAT)3129937999390Coding
11. (CTG)412130589130600Coding
12. (AATT)312132756132767Coding
13. (CGCC)312133406133417Coding
14. (TTGA)312136043136054Coding
15. (TGC)412158510158521Coding
16. (AGG)618161926161943Coding
17. (AGG)412161953161964Coding
18. (AATC)312210622210633Coding
19. (TCA)515228632228646Coding
20. (CAC)412240364240375Coding
21. (TTGCCG)318261781261798Coding
22. (GTCGGC)318273826273843Coding
23. (GTCGGC)424273925273948Coding
24. (CAC)412277064277075Coding
25. (GCA)515283491283505Coding
26. (CAAA)312377169377180Non coding
27. (TATT)312390173390184Coding
28. (TCCT)312412519412530Non coding
29. (CTG)515444291444305Coding
30. (CCTCCG)424474666474689Coding
31. (TTTC)312534674534685Non coding
32. (CTC)618537622537639Coding
33. (TAG)412574684574695Non coding
34. (GGTGCC)318578537578554Coding
35. (TTGC)416585960585975Coding
36. (AGC)515586201586215Coding
37. (CCGACT)424622562622585Coding
38. (CCGACT)424622610622633Coding
39. (ATC)412647510647521Coding
40. (GGTTGT)318656022656039Non coding
41. (ATTG)416658553658568Coding-Non coding
42. (AGAA)312663385663396Non coding
43. (AGTT)312665088665099Coding
44. (CAG)412674170674181Coding
45. (CGCC)312689927689938Non coding
46. (CCG)412697519697530Coding
47. (ATAA)312704751704762Coding
48. (GAA)412734362734373Coding
49. (GCTT)312740207740218Coding
50. (AT)612765819765830Coding-Non coding
51. (GATC)312782680782691Coding
52. (CGC)412797918797929Coding
53. (GGAAGG)530811333811362Coding
54. (CTG)412812551812562Coding
55. (GCTG)312822052822063Coding
56. (GCT)412822648822659Coding
57. (TTA)412824082824093Coding
58. (GAT)412856709856720Coding
59. (CTG)412859602859613Coding
60. (GGT)412862923862934Coding
61. (GTG)412864728864739Coding
62. (GCA)412893923893934Coding
63. (TGC)412896600896611Coding
64. (GTG)412908070908081Coding
65. (ATTG)312917765917776Non coding
66. (TCGA)312922766922777Coding
67. (CTG)412936737936748Coding
68. (TTAA)312957596957607Non coding
69. (AGC)412959497959508Coding
70. (ACTCCG)424987599987622Coding
71. (ACTCCG)424987629987652Coding
72. (GAT)412990538990549Coding
73. (TTAA)31210162161016227Non coding
74. (GGTGTT)31810411501041167Coding
75. (GGTGTT)31810412461041263Coding
76. (GTCT)31210465831046594Non coding
77. (AATA)31210620051062016Coding
78. (GAA)41210794421079453Coding
79. (GCT)41211176901117701Coding
80. (TTTGC)31511283161128330Coding
81. (TTGA)31211487021148713Non coding
82. (GGC)41211498291149840Coding
83. (GCC)41211752291175240Coding
84. (GATC)31211874011187412Coding
85. (GCG)41211883341188345Coding
86. (ACAG)31212328811232892Coding
87. (CCCCAA)42412353691235392Coding
88. (TGC)41212367211236732Coding
89. (GTAGG)31512579491257963Coding
90. (CCCG)31213025811302592Non coding
91. (AATA)31213204561320467Coding
92. (ATT)175113315841331634Coding
93. (CAA)41213380791338090Coding
94. (TTTG)31213425991342610Coding
95. (GACA)31213499991350010Coding
96. (ATTG)31214000981400109Non coding
97. (CAG)41214236551423666Coding
98. (ATCC)31214264951426506Coding
99. (GCT)41214521051452116Coding
100. (GAA)41214640991464110Coding
101. (AGC)41214788581478869Coding
102. (GCA)41214965521496563Coding
103. (AGAGGC)31814980881498105Coding
104. (GCA)41215053931505404Coding
105. (TAAA)31215115631511574Non coding
106. (CTG)61815465401546557Coding
107. (AAG)41215770301577041Coding
108. (CTGGGG)31816146431614660Coding
109. (CGC)41216285831628594Coding
110. (GGC)41216379991638010Coding
111. (CAGCG)31516397421639756Coding
112. (AGGT)31216539771653988Coding
113. (GCTT)31216763711676382Non coding
114. (TCAATT)31816880671688084Non coding
115. (CTG)41217064001706411Coding
116. (CGAT)31217240241724035Coding
117. (CTG)41217300281730039Coding
118. (CCG)41217577351757746Coding
119. (ACTCCG)31818278691827886Coding
120. (ACTCCG)31818279111827928Coding
121. (ACGG)31218489591848970Non coding
122. (CACCGC)31818713321871349Coding
123. (CCAG)31218894281889439Non coding
124. (GCA)41218994531899464Non coding
125. (GGC)41219016451901656Coding
126. (GTCGGA)42419700291970052Coding
127. (GTCGGA)63619700651970100Coding
128. (GGAGTC)53019701041970133Coding
129. (GGAGTC)31819701521970169Coding
130. (TGTAGT)31819702051970222Coding
131. (CAT)41219789161978927Coding
132. (TGC)41220421002042111Coding
133. (GCT)41220433252043336Coding
134. (TGC)41220439332043944Coding
135. (AAAGT)31520682722068286Non coding
136. (CTGG)31220687482068759Coding
137. (CCCT)31220706702070681Coding
138. (CTTC)31220894142089425Non coding
139. (GTGG)31220979792097990Non coding
140. (TGC)41221474842147495Coding
141. (ACTG)31221691602169171Coding
142. (GCG)41221860262186037Coding
143. (GCG)41221901242190135Non coding
144. (TGC)41222150762215087Coding
145. (CAAA)31222371512237162Non coding
146. (ACAA)31222673712267382Coding
147. (CCG)41222716962271707Coding
148. (CCCG)31222757102275721Non coding
149. (ACCAGA)31823025742302591Coding
150. (GCT)41223377772337788Coding
151. (TC)61223975782397589Non coding
152. (GCTG)31224228022422813Coding
153. (CCACGA)31824605082460525Coding
154. (GCTACT)31824684992468516Coding
155. (GTCGGA)31824780702478087Coding
156. (GTCGGA)31824825382482555Coding
157. (GGAGTC)31824827752482792Coding
158. (GGAGTT)31824832072483224Coding
159. (GCTG)31224847732484784Coding
160. (TAC)41225168672516878Non coding
161. (CGGG)31225510302551041Non coding
162. (TTTG)31225680822568093Coding
163. (AATA)31226075972607608Coding
164. (TAA)41226220522622063Non coding
165. (TAT)51526527042652718Non coding
166. (CTG)41226551752655186Coding
167. (ATTG)41626559622655977Non coding
168. (ACCA)31226648852664896Non coding
169. (GCT)41226853752685386Coding
170. (GCG)41227079282707939Coding
171. (AATC)31227171152717126Coding
172. (GCT)41227191952719206Coding
173. (CGAT)31227268462726857Non coding
174. (ATTA)31227522162752227Non coding
175. (CAC)41227724212772432Coding
176. (TTTA)31227744022774413Coding
177. (GAAGCG)31827828372782854Coding
178. (CGAT)31227916012791612Coding
179. (TGC)41228004112800422Coding
180. (GTTT)31228211932821204Coding
181. (TGC)41228313692831380Coding
182. (GGC)51528361302836144Coding
183. (GAC)41229093692909380Coding
184. (GCCC)31229102552910266Coding
185. (CTG)41229427572942768Coding
186. (GAA)41229489782948989Coding
187. (ACTC)31229528562952867Coding
188. (TCGA)31229569232956934Coding
189. (AACC)31229869692986980Coding
190. (GTTT)31229992732999284Coding
191. (TGAG)31230397183039729Coding
192. (AAG)41230491073049118Coding
193. (CCCG)31230887163088727Non coding
194. (TGAA)31231054663105477Coding-Non coding
195. (TGC)51531126103112624Coding
196. (CTGA)31231194593119470Coding
197. (ACTG)31231309583130969Coding
198. (GAAGA)31531383603138374Non coding
199. (CCCTA)31531987763198790Coding
200. (GGTGGC)31833057033305720Coding
201. (GGC)41233058373305848Coding
202. (CGG)41233126463312657Coding
203. (ACGGTG)31833334243333441Coding
204. (AGC)41233421833342194Coding
205. (TTA)41233489533348964Coding
206. (AAGAG)42033694993369518Non coding
207. (CGAT)31233781953378206Coding
208. (TTG)41233946403394651Coding
209. (GCA)41234047173404728Coding
210. (CTGTCT)42434356453435668Coding
211. (CTGTCT)42434356993435722Coding
212. (CCAG)31234474403447451Coding
213. (GCG)61834505273450544Coding
214. (CGG)51534512783451292Coding
215. (CCGACG)31834789043478921Coding
216. (GATC)31234863843486395Coding
217. (CAAT)31235085773508588Non coding
218. (ACGC)31235270193527030Non coding
219. (TGC)41235347093534720Coding
220. (TCGC)31235485493548560Coding
221. (T)141435965523596565Non coding
222. (CAA)41236037863603797Coding
223. (AGCA)31236102043610215Coding
224. (TGG)41236156643615675Coding
225. (GCT)72136158793615899Coding
226. (TTAA)31236344023634413Non coding
227. (CGG)41236889993689010Coding
228. (CAAC)31236980993698110Non coding
229. (ACTT)31237222893722300Non coding
230. (CGG)41237392913739302Coding
231. (AGCTTT)31837462363746253Coding
232. (TGGCGG)42437547563754779Coding
233. (GGTGGC)31837549823754999Coding
234. (GGTATT)53037714123771441Non coding
235. (CGGG)31237723243772335Non coding
236. (ACAA)31237900913790102Coding
237. (AATT)31237955893795600Coding
238. (TTG)41238183333818344Coding
239. (CCCAA)31538190553819069Coding
240. (TAAA)31238256053825616Non coding
241. (GAAG)31238365353836546Coding
242. (GGTTT)31538568253856839Coding
243. (CAG)41238761653876176Coding
244. (TTTC)31238803443880355Non coding
245. (CCG)41238865463886557Coding
246. (GGAAGG)31839066673906684Non coding
247. (GCCCCA)31839317043931721Coding
248. (GCACCC)31839320643932081Coding
249. (GAA)41239570083957019Coding
250. (ATCG)31239917453991756Coding
251. (GCT)72140327274032747Coding
252. (ATT)41240719184071929Non coding
253. (CTG)41240721704072181Coding
254. (ACT)41240783654078376Coding
255. (AATT)31240833034083314Non coding
256. (GAT)51540969194096933Coding
257. (CGAT)31241922324192243Coding
258. (TCGA)31241992664199277Non coding
259. (CTT)41242047404204751Coding
260. (GATC)31242049994205010Coding
261. (GATC)31242090504209061Coding
262. (GGAG)31242198284219839Coding
263. (CGAT)31242207194220730Coding
264. (ATCG)31242228224222833Coding
265. (TGC)61842388474238864Coding
266. (GAA)41242698764269887Coding
267. (TACT)31243237744323785Coding
268. (GCA)51543394174339431Coding
269. (TTTA)31243402074340218Non coding
270. (GCGGC)31543480094348023Coding
271. (AATT)31243502004350211Coding
272. (CGTCAA)42444036034403626Coding
273. (GCT)41244095454409556Coding
274. (CTA)41244238934423904Coding
275. (CAT)41244491924449203Coding
276. (ATCG)31244681434468154Coding
277. (CCTT)31244813414481352Coding
278. (TGC)41244846764484687Coding
279. (ATCG)31244976944497705Coding
280. (AGAAAT)31845552434555260Coding
281. (TCGA)31245660184566029Coding
282. (CAG)41245744504574461Coding
283. (ATTA)31245815674581578Non coding
284. (GGC)51545892644589278Coding
285. (GCCA)31246045334604544Non coding
286. (CTG)41246129514612962Coding
287. (AATT)31246147664614777Coding-Non coding
288. (CAG)41246165314616542Coding
289. (TTG)41246240414624052Coding
290. (GCC)41246671474667158Coding
291. (AGCA)31246958174695828Coding
292. (GCG)41247296794729690Coding
293. (GGAGTT)74247603694760410Coding
294. (AATT)31247631024763113Non coding
295. (CCCTA)31547698334769847Non coding
296. (CGAT)31248150984815109Non coding
297. (CCCATT)31848183134818330Non coding
298. (ATCG)31248203764820387Coding
299. (TAAG)31248432814843292Coding-Non coding
300. (CAC)51548620084862022Coding
301. (AGT)41249043154904326Coding
302. (CGAT)31249134094913420Coding
303. (CGC)41249166524916663Coding
304. (CCCTCT)31849213904921407Coding
305. (ATCG)31249260704926081Non coding
306. (AGCA)31249560744956085Coding
307. (TGG)41249943054994316Coding
308. (TTAAT)42050127045012723Non coding
309. (TGGTGT)31850154255015442Coding
310. (GACA)31250347215034732Coding
311. (GGCT)31250391265039137Coding
312. (CTG)41250427115042722Coding
313. (CAGCC)31550605765060590Coding
314. (TTTG)31250706265070637Coding
315. (GAAA)31250720385072049Coding
316. (TGAT)31250855685085579Coding
317. (ATTA)31250927075092718Coding
318. (CAGAAG)31851026345102651Coding
319. (TACT)31251122095112220Coding
320. (CGG)41251159355115946Coding
321. (ACAA)31251246595124670Non coding
322. (GAT)41251390395139050Coding
323. (AGC)41251620885162099Coding
324. (CTTC)31252148905214901Non coding
325. (TCA)41252673815267392Coding
326. (CCT)61852709185270935Coding
327. (GGCATA)53052717175271746Non coding
328. (GCCT)31252725655272576Non coding
329. (GCTT)31253437545343765Coding
330. (ACACCC)31853575585357575Coding
331. (ACACCC)31853576845357701Coding
332. (CCGACT)31853629265362943Coding
333. (ACCAAC)42453632885363311Coding
334. (TGC)41253671185367129Coding
335. (TGCT)31253708405370851Coding
336. (TCTTCC)42453851285385151Coding
337. (CTG)41253967745396785Coding
338. (GTTT)31254254535425464Coding
339. (GGCG)31254403575440368Coding
340. (TGC)41254477005447711Coding
341. (GCA)51554676795467693Coding
342. (GATC)31255007975500808Coding
343. (CGAT)31255593105559321Coding
344. (TTTA)31255684055568416Coding
345. (CGAT)31255837195583730Coding
346. (TCGA)31255993985599409Non coding
347. (ATTC)31255996005599611Coding
348. (GCAG)31256766695676680Non coding
349. (TGGA)31257137215713732Coding
350. (GCA)41257250435725054Coding
351. (GA)61257673765767387Coding
352. (TGCG)31257888655788876Non coding
353. (AGAGAT)31858395365839553Non coding
354. (GCA)41258600205860031Coding
355. (GCA)41258642905864301Coding
356. (TATC)31258675865867597Coding
357. (TATC)31258715315871542Coding
358. (CTG)41259190185919029Coding
359. (CGC)41259271905927201Coding
360. (AATC)31259457455945756Non coding
361. (GATT)41659470545947069Non coding
362. (GATT)41659470905947105Non coding
363. (GCT)41259546185954629Coding
364. (CCTCTA)31859603785960395Coding
365. (GCGA)31259808115980822Non coding
366. (TTAC)31260218276021838Non coding
367. (AGCCAA)31860304976030514Coding
368. (GGGTAA)42461557496155772Non coding
369. (TAGA)31261691726169183Non coding
370. (TTAT)31262457946245805Non coding
371. (TGAC)31262498486249859Non coding
372. (CGAT)31262779096277920Coding
373. (GATC)31262941586294169Coding
374. (CGG)41263550456355056Coding
375. (GAAGAC)42463966496396672Coding
376. (TAT)41264223876422398Non coding
377. (GGC)41264321126432123Coding
378. (ACCC)31264330576433068Non coding
379. (AGG)41264403356440346Coding
380. (CCCA)31264753806475391Non coding
381. (GGGATC)31864865066486523Coding
382. (CAG)41264939436493954Coding
383. (TTGC)31264968506496861Coding
384. (AGA)41265525836552594Coding
385. (CGG)41265830946583105Coding
386. (TCGA)31265929146592925Coding
387. (GGT)41266016476601658Coding
388. (CCCTA)31566224656622479Coding
389. (ACA)41266246466624657Non coding
390. (AATT)31266467876646798Coding
391. (ACCC)31266633166663327Coding
392. (GCG)41266695696669580Coding
393. (CAA)41266847586684769Coding
394. (GGC)41266881766688187Coding
395. (AATT)31267130816713092Coding
396. (GCT)41267364126736423Coding
397. (AAGG)31267623666762377Coding
398. (TCGA)31267652226765233Coding
399. (TGT)41267661126766123Coding
400. (GCCC)31268441626844173Non coding
401. (GCTC)31269402866940297Non coding
402. (GCTC)31269411166941127Coding
403. (CCTG)31269439806943991Coding
404. (GATT)31269440216944032Coding
405. (ACACCA)42469672556967278Coding
406. (GCTG)31269750826975093Coding
407. (GTG)41270431657043176Coding
408. (CGAT)31270447317044742Coding
409. (CGC)51571040277104041Coding
410. (GAA)41271392487139259Coding
411. (TGC)41271414427141453Coding
412. (GCAA)31271786267178637Coding
413. (TTC)41271887237188734Coding
414. (TGTAGA)31872203657220382Coding
415. (CCGCCA)42472208517220874Coding
416. (CCG)41272247147224725Coding
417. (TC)71472364827236495Non coding
418. (TGG)41272412707241281Coding
419. (CTG)41272477577247768Coding
420. (CCGGAG)31872881067288123Coding
421. (CGGG)31273047817304792Coding
422. (GGGC)31273542267354237Coding
423. (TCAG)31273544987354509Non coding
424. (TGGT)31273665817366592Coding
425. (CGC)41273777837377794Coding
426. (GCT)41273810277381038Coding
427. (CAG)41273929547392965Coding
428. (ACTCCG)31873969417396958Coding
429. (ACTCCG)31873969837397000Coding
430. (ACTCCG)74273970257397066Coding
431. (ACTCCG)31873971337397150Coding
432. (ACTCCG)42473971637397186Coding
433. (CAA)41274016397401650Coding
434. (ATTG)31274058207405831Non coding
435. (TGC)41274168027416813Coding
436. (CGC)41274487517448762Coding
Kabra,R., Kapil,A., Attarwala,K., Rai,P.K. and Shanker,A. World J Microbiol Biotechnol (2016) 32:71                                                      Best viewed at 1280 x 768.