CyanoSat: A Database of Cyanobacterial Perfect and Imperfect Microsatellites
HOME ABOUT DATABASE ADVANCED SEARCH TUTORIAL STATISTICS CONTACT
       Organism: Rivularia sp. PCC 7116 (NC_019678 8698464 bp)                                                               Show Primer       Download
Compound : 0     Perfect Compound : 0   Overlapping Compound : 0
Perfect      : 507     Density of SSR      : 1SSR/ 17.16 kb   Average length of SSR  : 12.98 bp
Coding      : 342     Non-Coding           : 153   Coding and Non-Coding : 12
REPEATMONODITRITETRAPENTAHEXATOTAL
PERFECT 0 14 208 219 31 35 507
IMPERFECT 2 313 3340 2931 333 294 7213
Perfect SSRs
S. No.MOTIFLENGTHSTARTENDREGION
1. (TCTG)3121151511526Coding
2. (TTGA)3123636836379Coding
3. (AATC)3125972059731Coding-Non coding
4. (ATAA)3126510165112Non coding
5. (GAT)4128390783918Coding
6. (CCA)412102003102014Coding
7. (ATTT)312120492120503Coding
8. (TGC)412143759143770Coding
9. (AGC)412172474172485Coding
10. (TATT)312178077178088Coding
11. (GCT)515234231234245Coding
12. (TAAA)312244152244163Non coding
13. (TTAT)312244901244912Non coding
14. (TTTAGC)318253215253232Coding
15. (GCT)412259388259399Coding
16. (TAAA)312260888260899Coding-Non coding
17. (AGC)412263002263013Coding
18. (ACCAGA)424267369267392Coding
19. (TTG)515294994295008Coding
20. (AATC)312295515295526Non coding
21. (AT)612296669296680Non coding
22. (TAAT)312303762303773Coding
23. (ATAA)312319910319921Coding
24. (ATAC)312350447350458Coding
25. (TTTG)312360696360707Coding
26. (AATA)312419957419968Non coding
27. (AATA)312423358423369Coding
28. (GGA)412438568438579Coding
29. (TAAA)312442152442163Non coding
30. (CAG)412451536451547Coding
31. (GCA)412452064452075Coding
32. (GTA)412457759457770Coding
33. (TTCC)312465275465286Coding
34. (TCT)412474452474463Coding
35. (CTTG)312493151493162Coding
36. (TCT)412532482532493Coding
37. (TGC)412580356580367Coding
38. (AAT)412581496581507Coding
39. (TAAA)312582814582825Non coding
40. (TGC)412590820590831Coding
41. (ATTT)312592718592729Non coding
42. (ATTT)312595163595174Non coding
43. (AT)612626003626014Non coding
44. (TATT)312627957627968Non coding
45. (AGC)412628197628208Coding
46. (AATC)312644334644345Coding
47. (ATT)412657471657482Non coding
48. (GTTT)312685925685936Coding
49. (GAA)515686395686409Coding
50. (CCA)618689903689920Coding
51. (GAAA)312713946713957Coding
52. (AGA)412716553716564Coding
53. (TATT)312733236733247Non coding
54. (GCT)412734648734659Coding
55. (ATTAA)315759133759147Non coding
56. (GGTGCT)318775354775371Coding
57. (CTC)412789326789337Coding
58. (AATA)312791194791205Coding
59. (TCT)412845513845524Coding
60. (TTTG)312858953858964Coding
61. (AGC)412882752882763Coding
62. (AATA)312902033902044Coding
63. (TAC)412915076915087Coding
64. (AAGC)312945405945416Coding
65. (TGGTG)315957928957942Non coding
66. (CCA)412967189967200Coding
67. (AATT)312972425972436Coding
68. (GTTA)312983384983395Non coding
69. (TTA)41210090591009070Coding
70. (TAG)41210290301029041Coding
71. (GCAA)31210631191063130Coding
72. (TGG)41210693771069388Coding
73. (GAATTT)53010706841070713Coding
74. (TTTTA)31510823541082368Non coding
75. (AAGGGT)31811026661102683Coding
76. (GGGA)31211168971116908Non coding
77. (TACT)31211192541119265Coding
78. (TTAT)31211405911140602Coding
79. (TTGT)31211593231159334Non coding
80. (ACAA)31212292671229278Non coding
81. (AGCA)31212293381229349Non coding
82. (CTG)41212742561274267Coding
83. (CAAAT)31512843181284332Coding
84. (GAATT)31512859511285965Coding
85. (CAT)41212909781290989Coding
86. (GAA)51512932311293245Coding
87. (GAA)41213148841314895Coding
88. (CTA)41213347161334727Coding
89. (AAAC)31213669861366997Non coding
90. (TCAT)31213763731376384Coding
91. (TAA)41213864941386505Non coding
92. (TTTAA)31513866101386624Non coding
93. (TTAT)31213984961398507Non coding
94. (TTTA)31214456891445700Coding
95. (ACC)41214505701450581Coding
96. (AATA)31214534821453493Non coding
97. (ATTT)31214614551461466Coding
98. (GTG)41214904821490493Coding
99. (TTGA)31215094631509474Coding
100. (TTATT)31515254701525484Non coding
101. (GAG)41215552941555305Non coding
102. (TCAC)31215691331569144Non coding
103. (AAAAGT)31815722391572256Non coding
104. (ATTT)31215807801580791Coding
105. (TTTA)31216322651632276Coding
106. (CAAT)31216411131641124Coding
107. (ACCAAC)31816557941655811Coding
108. (GTA)41216657781665789Coding
109. (GAAT)31216750791675090Coding
110. (TAA)41217158481715859Coding
111. (TAA)41217276501727661Coding
112. (TA)71417383011738314Non coding
113. (ATG)51517528501752864Coding
114. (CAG)41217960551796066Coding
115. (TTG)41218011211801132Coding
116. (AAAT)31218250181825029Non coding
117. (GCT)41218445711844582Coding
118. (AGC)41218735411873552Coding
119. (TAAA)31218844131884424Coding
120. (TGA)41218906741890685Coding
121. (CAC)41219218201921831Coding
122. (TGC)51519272721927286Coding
123. (AAACGG)31819741031974120Coding
124. (ATG)41220001212000132Coding
125. (CAAA)31220192162019227Non coding
126. (AAT)41220200532020064Non coding
127. (TAG)41220314292031440Coding
128. (GAGC)31220415562041567Coding
129. (GTTTG)31520517752051789Coding
130. (AGT)41220794912079502Coding
131. (TCGTCT)31821118032111820Coding
132. (AACT)31221218992121910Coding
133. (GAGG)31221477442147755Non coding
134. (AAC)41221676162167627Coding
135. (TTC)41221883142188325Coding
136. (AACA)31221931952193206Coding
137. (ATTT)31222048622204873Non coding
138. (GAGG)31222082442208255Non coding
139. (TTAG)31222502532250264Coding
140. (CGTG)31222666672266678Coding
141. (GCCA)31222946952294706Coding
142. (AATT)31223126852312696Coding
143. (TTAC)41623148102314825Coding-Non coding
144. (CAG)41223155442315555Coding
145. (CAC)41223311722331183Coding
146. (GTT)41223629212362932Coding
147. (ATTA)31223721982372209Coding-Non coding
148. (TTC)51523998662399880Coding
149. (TAAA)31224115702411581Non coding
150. (AACTCA)31824160122416029Coding
151. (TTTA)31224242642424275Coding
152. (CGGTAG)53024668882466917Coding
153. (AATT)31224752422475253Coding
154. (AAAT)31224766122476623Non coding
155. (GAGAA)31524781922478206Non coding
156. (TTTAT)31525032792503293Non coding
157. (TAAGC)31525201142520128Non coding
158. (TCT)41225444932544504Coding
159. (CAAG)31225744462574457Non coding
160. (AATC)31225910652591076Coding
161. (CGAA)31226111222611133Coding
162. (ACA)41226148142614825Coding
163. (TAAA)31226297592629770Coding
164. (AGC)41226307702630781Coding
165. (TGA)41226391452639156Coding
166. (AGC)41226492432649254Coding
167. (CTA)41226497912649802Coding
168. (TAAT)31227192722719283Non coding
169. (TTTA)31227445132744524Coding
170. (TTC)41227531582753169Coding
171. (TCT)41227605992760610Non coding
172. (CTG)41227638962763907Coding
173. (TTATCT)31827797432779760Non coding
174. (AAAT)31228108252810836Coding
175. (TGG)41228117232811734Coding
176. (CAT)41228305522830563Coding
177. (AAG)41228407932840804Coding
178. (CTTT)31228466732846684Coding
179. (TTG)41228529792852990Coding
180. (AAAAT)31528716742871688Non coding
181. (CTCA)31228717482871759Non coding
182. (GAAA)31228967742896785Coding
183. (AGC)41229218982921909Coding
184. (ACAA)31229221462922157Coding
185. (TGC)41229241442924155Coding
186. (CAAC)31229341832934194Coding
187. (GAGG)31229424192942430Coding
188. (GCA)41229555792955590Coding
189. (CTT)41229769472976958Coding
190. (ACTT)31229933862993397Non coding
191. (GCA)41230024103002421Coding
192. (TGC)51530483933048407Coding
193. (TTAT)31230527263052737Non coding
194. (GATT)31230810663081077Coding
195. (AAG)41231005263100537Coding
196. (TGAT)31231116753111686Coding-Non coding
197. (TTGT)31231317693131780Non coding
198. (AAGA)31231610993161110Coding
199. (TTAT)31231713743171385Coding-Non coding
200. (CTG)41231969593196970Coding
201. (AGCA)31232095433209554Coding
202. (GCTA)31232678473267858Coding-Non coding
203. (CTG)41232892193289230Coding
204. (AAAC)31232975253297536Coding
205. (TTTA)31233184233318434Non coding
206. (TTAT)31233308303330841Non coding
207. (AATT)31233327793332790Coding
208. (TGA)41233659943366005Coding
209. (CAAAT)31533672673367281Non coding
210. (CAAT)31233766743376685Non coding
211. (GTGC)31233968333396844Coding
212. (GCA)41233997173399728Coding
213. (TATT)31234029753402986Coding
214. (CTG)41234108883410899Coding
215. (GAAA)31234561903456201Coding
216. (AT)71434829633482976Non coding
217. (ACAA)31234906573490668Non coding
218. (CTG)41235070423507053Coding
219. (CGGGTG)31835081323508149Coding
220. (GTG)41235295633529574Coding
221. (TTC)41235500193550030Coding
222. (TGG)41235583983558409Coding
223. (GAGT)72837001533700180Non coding
224. (GAGT)31237001933700204Non coding
225. (GAGT)31237002093700220Non coding
226. (CTTC)31237154173715428Coding
227. (TAAT)31238101263810137Non coding
228. (GGAG)31238310673831078Non coding
229. (CAT)41238351123835123Non coding
230. (TATT)31238997443899755Non coding
231. (TA)61239231613923172Non coding
232. (GGTT)31239505333950544Non coding
233. (AATT)31239779953978006Coding
234. (GTG)41239832513983262Coding
235. (AAAT)31239997653999776Coding
236. (AATC)31240384504038461Coding
237. (TTTG)31240415424041553Non coding
238. (ATAA)31240464434046454Coding
239. (CAG)41240514304051441Coding
240. (AATA)31240669394066950Non coding
241. (GCT)41240772894077300Coding
242. (TTC)41240826284082639Coding
243. (AGG)41241612344161245Coding
244. (ATT)41241672714167282Coding
245. (TGC)41241808434180854Coding
246. (TGC)41241809604180971Coding
247. (CGT)41242513114251322Coding
248. (TAATT)42042819974282016Non coding
249. (GCT)41242906164290627Coding
250. (CAC)41243072984307309Coding
251. (TGAT)31243194994319510Coding
252. (CATA)31243279544327965Coding
253. (ACC)41243629954363006Coding
254. (TAAT)31243901894390200Non coding
255. (ATTT)31243957494395760Non coding
256. (GGGA)31243988604398871Non coding
257. (ATTT)31244007964400807Non coding
258. (TTA)41244174174417428Non coding
259. (GCA)41244272814427292Coding
260. (TTAT)31244431284443139Non coding
261. (ATA)41244635054463516Coding
262. (GCT)41244716224471633Coding
263. (CGAA)31245136944513705Coding
264. (ATC)41245216404521651Coding
265. (TTTA)31245322314532242Non coding
266. (ATAA)31245368674536878Coding
267. (CAAC)31245429124542923Coding
268. (TAGCCA)31845616804561697Coding
269. (CAG)41245764044576415Coding
270. (TAAT)31245852454585256Coding-Non coding
271. (TTA)41245882424588253Coding
272. (TCTACA)31845951524595169Coding
273. (ATT)41246336524633663Non coding
274. (AATT)31246418024641813Non coding
275. (AATGTT)31846420214642038Non coding
276. (ATT)41246439114643922Coding
277. (TCG)41246562014656212Coding
278. (GCAC)31246820374682048Coding-Non coding
279. (CTC)51546879684687982Coding
280. (CTTG)31247122474712258Coding
281. (TGC)41247144864714497Coding
282. (TAT)41247472984747309Coding
283. (TATT)31247497164749727Coding
284. (GAGG)31247744464774457Non coding
285. (AAAT)31248028084802819Coding
286. (AGCT)31248099604809971Coding
287. (AT)61248112584811269Non coding
288. (ATTA)31248170174817028Non coding
289. (TTGT)31248208384820849Non coding
290. (TAAAT)31548286814828695Non coding
291. (TTTG)31248314474831458Coding
292. (GGT)41248322504832261Coding
293. (GCT)41248586524858663Coding
294. (TA)81648811444881159Non coding
295. (TTGC)31249022194902230Coding
296. (TAAA)31249031734903184Non coding
297. (GAA)41249374624937473Coding
298. (ATAC)31249564034956414Non coding
299. (TAA)41249748264974837Coding
300. (GAGG)41649929254992940Non coding
301. (AAATT)31550030135003027Non coding
302. (GCTT)31250035945003605Coding
303. (ATTAA)31550087505008764Non coding
304. (TGC)41250182885018299Coding
305. (TTTC)31250533495053360Coding
306. (TTC)41250617985061809Coding
307. (CAG)41250653535065364Coding
308. (CAA)41251268525126863Coding
309. (TAAT)31251340435134054Non coding
310. (TCAAGA)31851451355145152Coding
311. (ATT)61851471515147168Coding
312. (GCAA)31251703235170334Coding
313. (TTC)41251762935176304Coding
314. (AAT)41251828955182906Non coding
315. (AAATCT)31851846715184688Coding
316. (GCA)41251878815187892Coding
317. (ACCA)31252562955256306Coding
318. (TAAG)31252606125260623Non coding
319. (GCT)41252728055272816Coding
320. (CAAA)31252895015289512Coding
321. (TCAAT)31553022385302252Non coding
322. (CAAC)31253225205322531Coding
323. (GTTT)31253300535330064Coding
324. (TTAAT)31553365895336603Non coding
325. (CTG)41253677785367789Coding
326. (AAG)41253756775375688Coding
327. (AT)71453849015384914Non coding
328. (TAT)41254440915444102Non coding
329. (AGC)51554665925466606Coding
330. (AAGC)31255148535514864Coding
331. (TA)61255246125524623Non coding
332. (TAAA)31255438705543881Non coding
333. (TGC)41255597375559748Coding
334. (AATT)31255632145563225Non coding
335. (GAA)41255759675575978Coding
336. (CAG)51556025735602587Coding
337. (AGC)41256078115607822Coding
338. (TCT)41256245955624606Coding
339. (TAAA)31256509545650965Coding
340. (AAT)41256611595661170Non coding
341. (TCT)61857008555700872Coding
342. (AGC)41257144925714503Coding
343. (TAAAAA)31857171135717130Non coding
344. (ATTA)31257345825734593Non coding
345. (TAAT)41657537055753720Non coding
346. (AAATCA)31857598735759890Coding
347. (ACCA)31257626475762658Coding
348. (TGA)41257966475796658Coding
349. (AGG)41258316185831629Coding
350. (GGGTT)31558374335837447Coding
351. (GTT)41258382995838310Coding
352. (GTG)41258408175840828Coding
353. (CAG)41258550655855076Coding
354. (TGGTGA)31858590345859051Coding
355. (GGTGTT)31859192925919309Coding
356. (TCT)41259379565937967Coding
357. (ATG)41259390915939102Coding
358. (GATG)31259409165940927Coding
359. (CTTG)31259409925941003Coding
360. (ATTT)31259571315957142Coding
361. (GAGG)31259587585958769Non coding
362. (GAGG)52059587865958805Non coding
363. (GAGG)72859588105958837Non coding
364. (GTTTA)31559680485968062Coding-Non coding
365. (ATGT)31259862045986215Coding
366. (AAGC)31259893435989354Coding
367. (TA)61259950745995085Coding
368. (TAATT)31560232676023281Non coding
369. (AGC)41260250236025034Coding
370. (CTCC)31260394116039422Non coding
371. (CTCC)41660394276039442Non coding
372. (AAGT)31260799246079935Non coding
373. (TAAA)31261131636113174Non coding
374. (ACC)41261256236125634Coding
375. (CTG)41262163466216357Coding
376. (ACC)41262912346291245Coding
377. (GAT)41263604096360420Coding
378. (AAC)41263639056363916Coding
379. (AAC)41263639236363934Coding
380. (ATGCT)31563656756365689Non coding
381. (ATC)41263671646367175Coding
382. (TATT)31263808066380817Non coding
383. (TAT)41264067386406749Coding
384. (AATT)31264202806420291Non coding
385. (CAAAAC)31864843176484334Coding
386. (CTCC)41664871406487155Non coding
387. (CTCC)52064871846487203Non coding
388. (TTGT)31265086646508675Coding
389. (AGAA)31265094776509488Non coding
390. (ATTA)31265232306523241Coding
391. (AAT)41265312696531280Coding
392. (GAA)41265759026575913Coding
393. (TAT)41265852426585253Coding
394. (AAGA)31265871306587141Coding
395. (TTTTG)31566012316601245Non coding
396. (CAAC)31266192566619267Coding
397. (TTA)41266279546627965Coding
398. (ATTT)31266492706649281Non coding
399. (TTTGAT)31867008176700834Non coding
400. (ACT)41267105046710515Coding
401. (GCT)41267149996715010Coding
402. (ATTT)31267432466743257Coding-Non coding
403. (TTAAC)31567476576747671Non coding
404. (TTTA)31267556386755649Non coding
405. (TTGA)31267624226762433Coding
406. (TAAT)31267647256764736Coding-Non coding
407. (ATAG)41667730246773039Coding
408. (TA)61267822326782243Non coding
409. (ATTG)31268428076842818Coding
410. (AAG)41268481116848122Coding
411. (TCT)41268538136853824Coding
412. (AGC)41269152436915254Coding
413. (GAA)41269274176927428Coding
414. (GGATTG)31869689216968938Coding
415. (GCAA)31269731566973167Coding
416. (ATTT)31269753466975357Coding
417. (CCA)41269967486996759Coding
418. (TTAT)31270045977004608Coding
419. (AAAT)31270076757007686Non coding
420. (CTG)41270109717010982Coding
421. (TCA)41270160587016069Coding
422. (CAG)41270369847036995Coding
423. (GGT)61870946837094700Coding
424. (ATAA)31270969767096987Coding
425. (TAAACT)31871112667111283Coding
426. (ATAA)31271273487127359Non coding
427. (ATTA)31271332577133268Non coding
428. (TCCA)31271341727134183Coding
429. (CCAC)31271349537134964Coding
430. (AAAG)31271529727152983Coding
431. (AATTG)31571575727157586Non coding
432. (AATTTA)31871780467178063Non coding
433. (TTTC)31272078757207886Coding
434. (TTGA)31272163087216319Non coding
435. (ACC)41272318117231822Coding
436. (TTTATA)31872436187243635Non coding
437. (ACC)41272506907250701Coding
438. (AATT)31272883397288350Coding
439. (TGGGC)31573084327308446Coding
440. (GAA)41273287737328784Coding
441. (TTGC)31273394137339424Coding
442. (GTTT)31273729767372987Coding
443. (TTTAT)31573946327394646Non coding
444. (CAG)41274201207420131Coding
445. (TTTC)31274877087487719Coding
446. (AAGC)31274936547493665Coding
447. (AATT)31275009987501009Coding
448. (AGA)41275044117504422Coding
449. (CAGCAC)42475072357507258Coding
450. (AGC)41275194097519420Coding
451. (TTC)41275210987521109Coding
452. (AATCTA)31875285117528528Coding
453. (ATAA)31275771357577146Non coding
454. (AT)61275830757583086Non coding
455. (ATT)41275913007591311Non coding
456. (AAAATC)31876254567625473Non coding
457. (CTG)41277051707705181Coding
458. (AGA)41277151077715118Coding
459. (CACCTG)31877188107718827Coding
460. (ATAA)31277195337719544Non coding
461. (TTTTG)31577233057723319Coding
462. (CTG)41277316587731669Coding
463. (TTGA)31277431027743113Non coding
464. (CAGC)31277441687744179Coding
465. (TTGTAT)31877444487744465Non coding
466. (GATT)31277600517760062Coding
467. (TCT)41277654857765496Coding
468. (GGAG)41678031777803192Coding
469. (GAGG)31278032027803213Coding
470. (GCTTCT)31878137697813786Coding
471. (AACA)31278471077847118Coding
472. (TAA)41278943507894361Coding
473. (AAATC)31578959977896011Coding
474. (TTC)41279117737911784Coding
475. (AAAT)31279196397919650Non coding
476. (TTA)41279748467974857Coding
477. (TGA)41280034088003419Coding
478. (ATTG)31280212848021295Non coding
479. (AAAATT)31880213668021383Non coding
480. (CACT)31280245468024557Non coding
481. (CAT)41280461348046145Coding
482. (TGG)41280802268080237Coding
483. (ATTT)31281056178105628Non coding
484. (TAA)41281140118114022Non coding
485. (TA)61281476918147702Non coding
486. (ATC)41281511628151173Non coding
487. (ATTA)31281745148174525Non coding
488. (AATTA)31581926828192696Coding
489. (AAG)41281987858198796Non coding
490. (CAG)41282047808204791Coding
491. (ATG)41282474308247441Coding
492. (TAA)41282818318281842Non coding
493. (CAG)41283360248336035Coding
494. (ATA)41283557618355772Coding
495. (CTG)41283627658362776Coding
496. (ATTA)31284021338402144Non coding
497. (TAT)41284021758402186Non coding
498. (CGA)41284364268436437Coding
499. (AGC)51584977338497747Coding
500. (GCT)41284997398499750Coding
501. (AAAT)31285540878554098Coding
502. (GCA)41285716648571675Coding
503. (AAT)41286092308609241Coding
504. (CCA)72186304268630446Coding
505. (CCA)41286305648630575Coding
506. (CCA)41286311708631181Coding
507. (TA)61286811088681119Coding
Kabra,R., Kapil,A., Attarwala,K., Rai,P.K. and Shanker,A. World J Microbiol Biotechnol (2016) 32:71                                                      Best viewed at 1280 x 768.